坊農秀雅 :: ブログ

この種の作業は、システムを安定に使うために非常に重要だが、ついインストールする方法ばかりでなかなか前に出てこないので、書き残しておきます。気づいたものから。

1. Macports
   

   sudo port -v selfupdate; sudo port -v upgrade installed

2. CPANモジュール
   

   sudo perl -MCPAN -e "CPAN::Shell->install(CPAN::Shell->r)"

   
   何が入っていないか表示するだけなら
   

   sudo perl -MCPAN -e "CPAN::Shell->r"
   
   

 44種類のvertebrate（脊椎動物）のゲノム配列のmultiple alignmentがUCSC Genome Browserで利用可能になったらしい。進化的に保存されている領域とか詳しく可視化されている。詳しくは http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTrackUi?db=hg18&g=cons44way

ググって見つけた。前に書いたpsl2ldas.rbではアラインメントされた領域全体、すなわちmRNA配列の張り付かなかったイントロンの部分も含めて変換されてしまっていたのだが、これならおそらくそれも考慮してgffをはいてくれそう。

という集まりをDBCLS教室にてホストいたしました。 DBCLSと統合データベースプロジェクトについて紹介させていただきましたが、いつもと違ってシビアなツッコミを頂き、「このpopulationはちょっと違う」という思いをいだきました。そういった「集まり」を今後もホストしていきたいと思うので、やってみたいかたは是非ご一報を。

英国Hinxtonで開催される Cold Spring Harbor Laboratory と Wellcome Trust によるGenome Informatics というミーティング（学会）に参加してポスター発表いたします。

• Title: PRACTICAL ORGANIZATION OF SEQUENCE DATA AS GENE EXPRESSION DATA
• Abstract: Up to now, hundreds of biological databases and various computational　tools to make use of these have been developed. It is now not so easy to keep track of those including biological papers even in the specific field, and the integration of those is crucial for life science. Considering these situations, Database Center for Life Science (DBCLS) has started the development of integrated database and portal site for life science in Japan.
  In Japan, various cDNA sequencing projects for many model organisms were launched, but most of the products from these, complementary DNA (cDNA) sequence data, have not been uniformly annotated and some of these are not even included in public DNA databank for redundant feature of cDNA sequence data.
  In order to make use of cDNA sequence data as gene expression data, we have developed repository and analysis pipeline for those produced in Japan. For genome-sequenced organisms, groups of cDNA sequences are mapped to genomes utilizing the analysis pipeline developed, and the mapping data are served in DAS server maintained at DBCLS <http://das.dbcls.jp/cgi-bin/das>. Genome mapping also includes synthetic probe sequences for microarray experiments and conceptual transcription factor binding sites. This is natural extension of SayaMatcher pipeline which locates short but meaningful DNA elements in a genome scale <http://sayamatcher.sourceforge.jp/>.
  The analysis pipeline developed can be applied to the analysis of short read sequences, which is expected to be accumulated in coming few years. The pipeline will accelerate biological interpretation of sequence data as gene expression data.

 ニック・レーン著「ミトコンドリアが進化を決めた」斉藤隆央訳 p413より

重要なことは、そうした病気に取り組むには、現代医学がおこなっているように個々の病気をターゲットにするのではなく、すべての病気をまとめてターゲットにするのが最善の策ということである。

 同p422より

今日、医学の土台をなすパラダイムは、大多数が遺伝子を中心に据えている。そのアプローチは、まず遺伝子を特定してから、それが何をして、どのように働いているかを明らかにし、そのうえで問題を正す薬理学的方法を考案して、最終的にその方法を適用するというものだ。私は、このパラダイムは誤りだと思う。おおもとにある老化に対する見方が、いまでは間違いに思えるものだからだー老化は遅発性の遺伝子変異の結果にすぎず、その変異はそれぞれほぼ独立した効果をもつため、個別に対処すべきとする見方である。

 

統合TVを始めて早一年。バックアップはtarで固めてgzip圧縮したtarballとして他のコンピュータにscpすることで月一回ぐらいのペースでとってきました。しかしながら、コンテンツ数の増加とともにデータ量も増えてきたので、この度NAS(Network Attached Storage; ネットワーク接続ストレージ)にバックアップすることを開始しました。DBCLSで使っているのはBUFFALOのTeraStationです。このNASは普通にMacOSXのFinderのメニューの「移動」→「サーバーへ接続」から設定しておいたIDとパスワードでマウントして便利に使えますが、デフォルトではオフになっている機能としてFTPでこのNASにアクセスしてファイルを転送することができるようです。それを利用して、普段外部のデータベースをミラーするときに使っているFTPのコマンドlftpでファイル転送できるようにしてみました。

open -u userid ftp://192.168.0.xxx
mirror -R -vvv /var/www /array1/togotv/togotv.dbcls.jp/var/www

 てな具合でlftpのスクリプトを書き（ファイル名：mirror_togotv.lftp、useridと192.168.0.xxxはそれぞれNASのユーザーIDとIP address）

 lftp -f mirror_togotv.lftp

 というコマンドを送り元のマシン側で実行し、NASのユーザーIDのパスワードを入力すれば転送が始まります。CUIにバックアップが手軽に開始できるのが私にとってはよかったです。速度的にはGUIでやるのと変わらないのかもしれませんが…。lftpのスクリプトでreverse mirrorという機能を'-R'で使っている点が勉強になりました。

biomart プロジェクトのArek Kasprzykさんからmart-devとmart-announceの両方のメーリングリストへのアナウンス。

I am sending this email on behalf of Ensembl team for the last time as biomart team is no longer directly involved in the Ensembl mart production and Ensembl team has now taken over. Please contact Ensembl team directly at help@ensembl.org if you require any help or info.

Ensembl50のリリースを機に完全にそうなったようです。よく見てみると彼の送信元アドレスもEBIのそれじゃなくなっていたり。今後helpメールを出すときにはきっちり分けて出しましょう。

http://faculty.virginia.edu/wrpearson/fasta/fasta3/fasta-35.4.1.tar.gz

から落とす。今回から配布物のディレクトリ構造が変わったっぽい。うちのIntelなMacの場合、

tar zxvf fasta-35.4.1.tar.gz
cd fasta-35.4.1 
cd src
make -f ../make/Makefile.os_x86 

でコンパイルしてみた。

Powerpointからファイルをインポートしたときに妙なスライドサイズになることがあってそれを解消する手段。

1.  Keynote 書類インスペクタ中の一番左のアイコンをクリック
2. 書類タブ（一番左）
3. スライドのサイズ（一番下）で適切なサイズ (1024x768とか)に変更

それで「スライドショーを再生」したときに画面いっぱいに表示されるように。