新たに、4種の共発現データを利用できるようにしました。

• チキン
• ゼブラフィッシュ
• ショウジョウバエ
• 線虫

これで以前からのヒト、マウス、ラットと合わせて、COXPRESdbで利用出来る共発現は7種になりました。

これらの共発現はオーソログを用いて一覧でき、擬陽性を排除するのに利用することができる他、配列オーソログから機能オーソログを推定することにも利用出来ます。

例； マウスのAU022870に対応するヒトオーソログはC7orf28B, C7orf28A の二つがあるが、Aの方のみと共発現パターンが一致しているため、Aが機能オーソログである。

http://coxpresdb.jp/cgi-bin/coex_list.cgi?gene=231874&sp=Mmu

また、ラットの共発現データを更新しました。

どうぞ御利用くださいませ。

以下のツールの出力画面の見栄えを変更しました。

•  Top page横の検索ボックス；　default で 遺伝子の検索、GOの検索を行います。遺伝子の検索は、遺伝子名（部分一致）、機能（部分一致）、Entrez Gene ID(完全一致)に対する検索です。

• CoexViewer；発現パターンの折れ線グラフを、散布図に変更しました。

以下の3点を更新しました。

1. Public annotationの更新（TAIR9, GO, KEGG)
2. トップページの検索ボックスの仕様変更
3. SALAD DBへの直リンク

（１）　今回は共発現データそのものは更新していません。遠くないうちに、TAIR9に対応したprobe-locus対応ファイルがTAIRから公開されると思いますので、それにあわせて共発現データを更新します。現在は、TAIR7に基づいたprobe-locusの対応ファイルを用いています。

（２）　トップページの検索ボックスは、今まで、「locus」「alias」「function」を選択して検索するようになっていました。これをデフォルトで、遺伝子に関する単語（AGI code, alias, short_description, curator summary）、GOに関する単語（GO ID, GO title）を検索するように変更しました。AGI codeとGO IDについては完全一致検索で、他の単語については部分一致検索です。この検索は全てシロイヌナズナについてで、イネ遺伝子の検索は次回以降に実装したいと思います。

（３）　各Locus PageからSALAD DBに直リンクを張りました。SALAD DBでは、シロイヌナズナおよびイネのホモログのドメイン構造を比較することができます。

どうぞご利用下さい。

イネの共発現情報を参照できるようにしました。

Arabidopsisの共発現データを経由して参照するようにしています。

• http://atted.jp/data/cor/At1g13950.html
• http://atted.jp/cgi-bin/coex_Osa.cgi?gene=Os08g0450100

順次他の植物に拡張していく予定です。

よろしくお願いします。

ATTED-IIの使い方を、統合TVで取り上げて頂きました。誠にありがとうございます。

• http://togotv.dbcls.jp/20090522.html 

複数のGO termの階層関係を描画するツールを作成しました。

• http://atted.jp/top_tool.shtml#gopathdrawer
• http://coxpresdb.hgc.jp/top_tool.shtml#gopathdrawer

GO termを入力すると、各GO termについてrootまでの全pathを描画します。

下の例では、

• 黄色；2 GO
• 緑；1 GO
• 青；1 GO

Publicアノテーションを更新し、データベース全体のversionを　5.3　としました。

また、locusのページに新たにExternal linkを追加しました。

• TileViz

TileVizはタイリングアレイデータをATH1アレイを表示しているデータベースです。ATTED-IIはATH1のデータを基に構築しているので、興味がある遺伝子（ATH1 probe）がクロスハイブリの影響を受けている時に、その影響を吟味するのに利用できると期待されます。

共発現の利用例として、Sulfolipid生合成系の遺伝子を同定した次の論文を加えました。

• Okazaki et al., (2009) Plant Cell, 21, 892-909

http://atted.jp/top_publication.shtml

ATTED-II および COXPRESdb では、同データベースで提供している共発現データを用いて遺伝子ネットワークを描くことができますが、一般的なクラスタリング方法はサポートしていませんでした。

「階層的クラスタリングをしたい」とのリクエストを頂き、その為のツールを作成しました。遺伝子群を入力すると、MRおよびCORを用いたクラスタリング結果を表示するツールです。（Rのhclust関数を使って描画しています。）

• http://atted.jp/top_tool.shtml#hcluster
• http://coxpresdb.hgc.jp/top_tool.shtml#hcluster

どうぞご利用下さい。

共発現の詳細を表示するCGIにおいて、その共発現の安定性を表示するようにしました。

http://atted.jp/top_tool.shtml#coexviewer

Stabilityが高ければ、多くのコンディションで共発現が観察されることを意味し、逆にStabilityが低ければ、特定のコンディションで共発現が観察されることを意味します。 各共発現値を詳しく吟味したい場合にご参照下さい。

　（試験的な意味合いもありますので、 この機能についてのご感想を頂ければ幸いです。）