かずさAnnotation開発 :: ブログ

かずさのなかおです。

アノテーションを表形式で表示するテーブル表示（TableView）を追加しました。 

テーブルのカラム名のところでソートすることができます。 検索フィルター支援機能をつかってアノテーションをほどほどの数まで減らし、テーブル表示でソートしながら眺めることができます。

また、このTableViewは、タグページやアノテーションページからリンクがあります。

かずさのなかおです。

かずさアノテーションの検索機能を強化しました。よくある検索式の入力をメニュー形式で支援します。

たとえば、GeneIndexingのアノテーションをリストしたいときは、アノテーターのidをORでつなげた検索式（pmid: [id:synobu id:kashima id:yoshimura_h id:yanakahira id:takutsu id:mnaka id:hkane id:makotokasai id:ymmt id:hmaita]）になりますが、これは大変長いです。このような長くて典型的な検索式の入力を支援します。

検索入力の横にあるoptionから入力支援メニューを表示します。 

検索フィルタとしては、（１）Miyakogusa、CyanoBaseやRhizoBaseに含まれる生物種やゲノム（Species/genomes）、（２）GeneIndexingやCyanoGenesやPPI実験論文サプリメントデータなどのデータソース（data sources）を用意しました。メニューから選択すると、検索入力に検索式が挿入されます。

また、一ページに表示するアノテーション件数を10〜100件まで選択できるメニューも提供しています。 

かずさのなかおです。

かずさアノテーションを国際化しました。ブラウザの言語設定をみて自動的に表示言語を切り替えます。言語設定が日本語（ja）以外のときは英語（en）で表示します。

言語設定によらず、lang=en パラメータをつかうと英語表示、lang=ja パラメータをつかうと日本語表示されます。 

かずさのなかおです。

かずさアノテーションで、検索窓をすべてのページから手軽に利用できるようにしました。次の図のように、ヘッダー部分の、

「検索...」をクリックすると、検索窓がポップアップします（下図）。

検索語を入力できます。

検索語に工夫をすると絞り込み検索や論理式をつかった検索や検索対象をタグ名やページタイトル、URLに限定することができます。くわしくは「もっと検索する...」をご覧ください。

かずさのなかおです。

アノテーション表示ページの表現を変更しました。アノテーション表示 かずさアノテーション - CyanoBase/Synechocystis - syn:sll0848 のアイテムの並び順を次のようにしました。遺伝子名やPubMed IDをより上部にまとめました。

かずさのなかおです。

ブックマークレットを強化しました。

1. タブの整理。GeneIndexingタブはAnnotationタブに統合しました。GeneIndexing用のタグ入力支援機能はAnnotationで利用できます。 
   
2. タグリスト表示。GeneIndexingタグとユーザの使用したタグをリストしました。
3. タグ入力支援機能。リストしてあるタグをクリックすることで、コメント欄にタグとして入力できます。入力したタグは背景色が変更されます。再度クリックすると、コメント欄からそのタグを消すことができます。

かずさのなかおです。

かずさアノテーションにCyanoGenesとCyanoMutantsのデータをインポートしました。これらは、変異体や変異をいれた遺伝子、その株の情報をユーザが自由に書き込んで蓄積していったものです。自由に書き込めて、CyanoBase のレコードに併記されるという、Wiki 的なものを先取りしていた先進的なデータベースです。

これらを遺伝子アノテーションととらえ直して、かずさアノテーションにのせてみました。こののせ方がうまく機能できるなら、CyanoGenes/Mutants は今後この形態で維持していくかもしれません。CyanoGenesの各レコードは [CyanoGenes:{ID}] タグ（例：CyanoGenes:33 タグ）に束縛されています。タグやCyanogeneユーザをたよりに、CyanoGenesのレコードをたどることができます。

かずさのなかおです。過去の開発ログを追加しています。

1. Atom フィードを追加しました。便利な使い方としては、http://a.kazusa.or.jp/annotation?q=slr1124 のような検索結果についているフィード http://a.kazusa.or.jp/annotation?q=slr1124&style=atom を購読すると、その検索に該当する新着アノテーションを追跡できます。また、http://a.kazusa.or.jp/tags/gname%3ApsbC のようなタグ [gname:psbC] のフィード http://a.kazusa.or.jp/tags/gname%3ApsbC?style=atom を購読すると、関連した新着アノテーションを追跡できます。フィードの購読には、Safari などのブラウザを利用したり、Google Reader やライブドアリーダー、はてなRSS リーダーを利用することができます。
   

かずさのなかおです。過去の開発ログをこちらに移行しています。

1. タグページの文献表示を改善しました。
   
2. 文献情報の取得元の表示をつけました。