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Nakao Mitsuteru

簡単な説明

かずさの中のひとでした。

市区町村名 (Town)

木更津市かずさ鎌足

拡張プロフィール

クリックすると拡張プロフィールを表示します。

公的なウェブサイトアドレス

http://www.kazusa.or.jp/

個人的なウェブサイトアドレス

http://d.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/about

興味のあること

Alternative splicing, Annotation, Bioinformatics, BioRuby, Evolution, Gene Annotation, Genome Annotation, JavaScript, Mac OS X, MacBook Pro, Processing, protein subcellular localization, QuartzComposer, R, rails, RESTful Web Service, ruby, social annotation, social bookmark, ustream.tv, 録画, 録音

会社／団体

財団法人 かずさディー・エヌ・エー研究所

主な技能

C, Computer programming, CSS, HTML, Perl, R, Ruby, Web application development

KazusaWiki - 最近更新したページ [ja]

Projects:CGA1

ブログ
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Nakao Mitsuteru

[alert] - http://hackathon3.dbcls.jp/

http://www.montastic.com/feeds/view/188841?key=b5975144053913fc9

Status set on Mon Oct 26 22:22:56 -0500 2009
URL monitored: http://hackathon3.dbcls.jp/
Status: 6 - Couldn’t resolve host. The given remote host was not resolved.

投稿者： Nakao Mitsuteru | 0 コメント

KazusaAPI開発日誌

[Galaxy]* gingami Galaxy 用のツールを github におきました。

http://kdri.g.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/20090204/multi_input_galaxy_tool:title や http://kdri.g.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/20090203/gendoo_on_galaxy:title で作成したツールをパッケージにして、github で開発を公開をしました。

http://github.com/nakao/gingami/tree/master:image

インストール方法


# ダウンロード
git clone git://github.com/nakao/gingami.git 

# 
cd gingami

# ツールのインストール
GALAXY_DIST=/some/where/galaxy_dist make install

表示にしたがって、galaxy_dist/tool_conf.xml を編集。

まとめ

  1. Galaxy のツールを github にて公開しました。
  2. Galaxy は銀河なので、ginga になってなんとなく gingami にしました。
PubMed widget [alternative splicing]

1:Barberan-Soler S,Medina P,Estella J,Williams J,Zahler AM

abstract
Co-regulation of alternative splicing by diverse splicing factors in Caenorhabditis elegans.
Nucleic Acids Res.2010 Aug 30;.English
PMID:20805248 [PubMed - as supplied by publisher]

2:Barash Y,Wang X

abstract
An illuminated view of molecular biology.
Genome Biol.2010 Aug 26;11(8):307.English
PMID:20804575 [PubMed - as supplied by publisher]

3:Shababi M,Glascock J,Lorson C

abstract
Combination of SMN trans-splicing and a neurotrophic factor increases the life span and body mass in a severe model of spinal muscular atrophy.
Hum Gene Ther.2010 Aug 30;.English
PMID:20804424 [PubMed - as supplied by publisher]
統合ぐらし

統合データベース講演会 AJACSみちのく 開催

統合データベース講演会 AJACSみちのく 開催

AJACSみちのく講演風景

本日は、東北大学グローバルCOE脳神経科学を社会へ還流する教育研究拠点との共催で東北大学星陵キャンパスにて統合データベース講習会：AJACSみちのくを開催しています。30名くらいの参加者がありました。

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2008-12-22のツッコミ[3] (mayday-web)

What words..

統合データベース講演会：AJACS加賀 開催

統合データベース講演会：AJACS加賀 開催

AJACS加賀

本日は、金沢大学理工学域電子情報学類生命情報コースとの共催で金沢大学角間キャンパスにて統合データベース講習会：AJACS加賀を開催しています。金沢大の方だけでなく、北陸先端科学技術大学の方もいらっしゃっていて、25名くらいの参加者がありました。

講習会の資料などおいてあるMotDBのサイトでは、1回講習会をするたびに http://motdb.dbcls.jp/?AJACS20 と AJACS+数字 とページが増えていくのですが、今回、AJACS20まで来ました。（必ずしも1講習会で数字が1増えるわけではないので、20回目、ということでもないのですが）。そんな3年かけて、およそ20回の講習会ではありますが、北陸地方には初上陸です。

今回は、蛋白質関連データベース統合検索TogoProtについての講習も行いました。昨日の夕食で北陸ならではの魚介に感動しきりになっていた際にエビアレルギーの話が出たのですが、それをネタに実習をしたりしました。（自分でやってみる場合は、「エビ アレルゲン」と入力して tropomyosin について眺めてみてください）。

また、いつもはいわゆるwet系（生物寄り）の人が多いのですが、今回は、dry系（情報系）の人も割といたので、内容もデータの形式や検索の仕組みなど情報系の話をもりこんだり、コンピューター操作に関してもかなりアグレッシブな講習になったかと思います。

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AJACS-DDBJing 講習会 in 東京開催

AJACS-DDBJing 講習会 in 東京開催

AJACS-DDBJing 講習会

今日、明日とDBCLSの4階教室で、AJACS-DDBJing講習会を開催しています。資料は、とりあえずのところMotDBのサイトにあげてあります。

今日は、30名弱の参加がありました。また、Ustream中継でも40人を越える同時アクセスがありました。今回は、（AJACS湘南3でもやりましたが）次世代シーケンサーのデータの扱いの話も時間を割いており、実際の処理の様子も紹介され、かなり注目の高さがうかがえました。

AJACSで講習会は何度もやっていますが、今回は、企業、研究所、大学と所属もヘテロですし、学生から研究員クラスまで層もヘテロで、（話す側としては対象をどこにするかの苦労はありましたが）いつもと違うチャネルに講習ができて有意義だったかと思います。

Ustream中継しています。Twitterのハッシュタグは、#AJACS_DDBJing です。

(6月29日追記）今日のDBCLS定例会議で、講習会においてシナリオ通りいかなかった部分などについて検討しました。複数同時アクセス時に操作ができなくなるなどの問題について、今後の講習会ではサンプルファイルを用意する、二人ひと組やグループごとのアクセスにするなど、改善していきます。(追記者：川本）

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