房総ぐらし

中村保一

プロフィール写真

Profile photo

簡単な説明

木更津市中心部在住の生物学者
団体職員で非常勤講師で客員准教授
UNIX使いのマカー
二児の父で無類の猫好き

ブログ
ありゃ。REBASEがはいってないじゃん。だめじゃん。

http://rebase.neb.com/rebase/rebase.files.html

ここから 37. EMBOSS (emboss_e, emboss_r, emboss_s) の3ファイルをダウンロードして適切な場所におく(かずさのメインサーバなら、/db/software/solaris10/EMBOSS-バージョン番号/share/EMBOSS/data/REBASE/ 以下) sudoers に入ってないとできないであろう。

それぞれ、名前を適切なものに変更する(embossre.enz, embossre.ref, embossre.sup; 各々のファイルをcatすれば変更すべき名称は書いてある。

で、みんなが参照できるようにパーミッションを適切にととのえる。644 あたりっすか。

$ restrict
Finds restriction enzyme cleavage sites
Input nucleotide sequence(s): abac
Minimum recognition site length [4]:
Comma separated enzyme list [all]:
Output report [abac.restrict]:

はい、できた。

キーワード: EMBOSS, tips

投稿者: 中村保一 | 0 コメント

本日、マメ科植物のミヤコグサゲノムの解析論文 Genome Structure of the Legume, Lotus japonicus (Sato et al.) が DNA Research 誌よりオンライン公開されます(まだOxford pressのサイトでは見えていないようですが)それに伴い、http://www.kazusa.or.jp/lotus/ にてミヤコグサゲノム release 1 としてゲノムDBを公開しました。

まだまだ、がたぴし感がありますが、今後KazusaAnnotation suitesとの密な連携により、ユーザからの情報の反映が容易な新世代ゲノムDBとして育てていきたいと思います。どうぞよろしく。

 

以下、自分用のメモ: 

KazusaWikiのミヤコグサ用コンテンツのCSSだけ、ゲノムDBのソレと統一したい。MediaWikiで、特定のプロジェクトor名前空間のコンテンツのCSSだけ変更するとかできるんじゃなかろうか。 

http://meta.wikimedia.org/w/index.php?oldid=598140

JavaScriptで名前空間が変数でとることができるので、ソレ見てCSS置き換えるとかさ。

追記: http://www.openspc2.org/reibun/css/etc/014/ ここに紹介されているのの応用でできそう。

キーワード: database, work

投稿者: 中村保一 | 0 コメント

ブログ

nazuna 04694] 東京農工大学公開講座:遺伝子操作トレーニングコース

10/08/30 17:56より転載

東京農工大学遺伝子実験施設では,

初心者を対象としたDNA調製,制限酵素切断,

ライゲーション,大腸菌形質転換,

PCR によるクローン解析などの実習を中心とした

公開講座を開催します。

 

8月23日第一次締切において残席が発生し,

追加募集となりました。

皆様の研究室の実験補助員や学生にお知らせ下さい。

参加希望者は下記URLより申込書をダウンロードして,

至急にメールにてご応募下さい。(学生も応募可能)

 

開催日:9月8日(水)〜10日(金)

参加費:12,600円 

詳細は下記サイトを参照して下さい。

http://www.tuat.ac.jp/~idenshi/

------------------------------------------------

丹生谷 博

東京農工大学遺伝子実験施設 

キーワード: event

投稿者: komaki @ 植物研究イヴェント案内 | 0 コメント

bioinformatics-jp] Re: 【統合DB講習会】AJACSみちのく(2010年8月4日-5日)開催のお知らせ
10/08/27 14:20より転載 
 

ライフサイエンス統合データベースセンターの坊農です。
遅くなりましたが、今月の4,5日に東北大学にて開催されました「統合データベース講習会AJACSみちのく」
http://motdb.dbcls.jp/?AJACS21
の統合TVが出揃いました。統合データベースプロジェクトのサービスの使い方やゲノム情報の可視化に関する講演・講習の他、
1. 次世代シーケンサーに関する講演
- 次世代シーケンサの活用法〜第三世代シーケンサについて〜
- 次世代シーケンサの活用法〜データの解析法〜
2. 遺伝子発現解析に関する講演・講習
- 遺伝子発現データベースの活用法
- R/Bioconductorを使った遺伝子発現解析
が新規にありましたので是非ご覧ください。
各動画へのリンクは、統合TVまとめサイト「統合TV curated」のページにまとめられておりますので是非ご利用下さい。
http://bit.ly/b5xvvi
 

 

キーワード: event

投稿者: komaki @ 植物研究イヴェント案内 | 0 コメント

ログオン:
Powered by Elgg