<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="http://navi.kazusa.or.jp/yn/rss/rssstyles.xsl"?>
<rss version='2.0'   xmlns:dc='http://purl.org/dc/elements/1.1/'>
    <channel xml:base='http://navi.kazusa.or.jp/yn/'>
        <title><![CDATA[中村保一 : 活動]]></title>
        <description><![CDATA[中村保一 さんの活動／ホスト： KazusaNavigation]]></description>
        <generator>Elgg</generator>
        <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/</link>        
        <item>
            <title><![CDATA[EMBOSSでREBASEを使う準備]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/440.html</link>
            <guid isPermaLink="true">http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/440.html</guid>
            <pubDate>Thu, 19 Jun 2008 04:37:16 GMT</pubDate>
		<dc:subject><![CDATA[tips]]></dc:subject>
		<dc:subject><![CDATA[EMBOSS]]></dc:subject>
            <description><![CDATA[ありゃ。REBASEがはいってないじゃん。だめじゃん。<br />
<br />
<a href="http://rebase.neb.com/rebase/rebase.files.html">http://rebase.neb.com/rebase/rebase.files.html</a><br />
<br />
ここから 37. EMBOSS   (emboss_e, emboss_r, emboss_s) の３ファイルをダウンロードして適切な場所におく（かずさのメインサーバなら、/db/software/solaris10/EMBOSS-バージョン番号/share/EMBOSS/data/REBASE/ 以下) sudoers に入ってないとできないであろう。<br />
<br />
それぞれ、名前を適切なものに変更する（embossre.enz, embossre.ref, embossre.sup; 各々のファイルをcatすれば変更すべき名称は書いてある。<br />
<br />
で、みんなが参照できるようにパーミッションを適切にととのえる。644 あたりっすか。<br />
<br />
$ restrict<br />
Finds restriction enzyme cleavage sites<br />
Input nucleotide sequence(s): abac<br />
Minimum recognition site length [4]: <br />
Comma separated enzyme list [all]: <br />
Output report [abac.restrict]: <br />
<br />
はい、できた。]]></description>
        </item>
                
        <item>
            <title><![CDATA[ミヤコグサゲノムDB release 1 公開]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/336.html</link>
            <guid isPermaLink="true">http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/336.html</guid>
            <pubDate>Thu, 29 May 2008 02:16:37 GMT</pubDate>
		<dc:subject><![CDATA[database]]></dc:subject>
		<dc:subject><![CDATA[work]]></dc:subject>
            <description><![CDATA[<p>本日、マメ科植物のミヤコグサゲノムの解析論文&nbsp;Genome Structure of the Legume, <em>Lotus japonicus </em>(Sato<em> et al.</em>)<em>&nbsp;</em>が DNA Research 誌よりオンライン公開されます（まだOxford pressのサイトでは見えていないようですが）それに伴い、<a href="http://www.kazusa.or.jp/lotus/">http://www.kazusa.or.jp/lotus/</a> にてミヤコグサゲノム release 1 としてゲノムDBを公開しました。</p><p>まだまだ、がたぴし感がありますが、今後KazusaAnnotation suitesとの密な連携により、ユーザからの情報の反映が容易な新世代ゲノムDBとして育てていきたいと思います。どうぞよろしく。</p><p>&nbsp;</p><p>以下、自分用のメモ：&nbsp;</p><p>KazusaWikiのミヤコグサ用コンテンツのCSSだけ、ゲノムDBのソレと統一したい。MediaWikiで、特定のプロジェクトor名前空間のコンテンツのCSSだけ変更するとかできるんじゃなかろうか。&nbsp;</p><p><a href="http://meta.wikimedia.org/w/index.php?oldid=598140">http://meta.wikimedia.org/w/index.php?oldid=598140</a></p><p>JavaScriptで名前空間が変数でとることができるので、ソレ見てCSS置き換えるとかさ。</p><p>追記:&nbsp;<a href="http://www.openspc2.org/reibun/css/etc/014/">http://www.openspc2.org/reibun/css/etc/014/</a> ここに紹介されているのの応用でできそう。</p>]]></description>
        </item>
                
        <item>
            <title><![CDATA[International Society for Biocuration (ISB)]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/307.html</link>
            <guid isPermaLink="true">http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/307.html</guid>
            <pubDate>Tue, 20 May 2008 23:41:50 GMT</pubDate>
            <description><![CDATA[<p>rice-net 経由でこんなメッセージがきました。全世界の Biocuratorよ、団結せよ！（って話ではない）</p><p>&nbsp;</p><p><span class="Apple-style-span"  style="font-family: 'Hiragino Mincho Pro'; font-size: 12px; line-height: normal">Subject:&nbsp;<span class="Apple-tab-span"  style="white-space: pre">	</span>[Obo-phenotype] International Society for Biocuration (ISB)&nbsp;and conference update</span></p><p><span class="Apple-style-span"  style="font-family: 'Hiragino Mincho Pro'; font-size: 12px; line-height: normal">Date:&nbsp;<span class="Apple-tab-span"  style="white-space: pre">	</span>Mon, 19 May 2008 17:49:00 -0500<br />From:&nbsp;<span class="Apple-tab-span"  style="white-space: pre">	</span>Petra Fey &lt;pfey at northwestern.edu&gt;<br />CC:&nbsp;<span class="Apple-tab-span"  style="white-space: pre">	</span>biocurator-society at googlegroups.com<br /><br /><br /><br />Dear Biocurators, Biocuration PIs and Supporters,<br /><br />At the 2007 International Biocurator meeting in San Jose, CA, the idea<br />of forming a professional association for scientists working in the<br />field of biocuration gained momentum. After the meeting, a planning<br />group of almost 20 people formed to explore possibilities for realizing<br />this idea. A recent survey in the biocurator community asking if people<br />preferred an independent society or just an affiliation with an existing<br />society gave overwhelming preference to the formation of an independent<br />society. <span class="Apple-style-span"  style="font-weight: bold">We are now taking the first steps toward the formation of such<br />a society, the International Society for Biocuration (ISB). The<br />International Society for Biocuration will be based in Geneva,<br />Switzerland, where the UniProt/Swiss-Prot group will provide essential<br />support.</span><br /><br />We are currently in the process of preparing documents and creating the<br />infrastructure to formally incorporate. We will inform you when<br />formalization is complete and will then send information about membership.<br /><br />The goals of the future International Society for Biocuration are<br />manifold. The formal organization of biocurators will help define the<br />profession of biocuration and its place within the wider research<br />community. It will provide a forum for biocurators, interested<br />developers, researchers, and students to exchange experience and ideas,<br />which will facilitate the sharing of tools and documentation. To<br />strengthen stability of funding, the society will contact funding<br />agencies to promote the importance of this work. The organization will<br />also build relationships with publishers and establish links between<br />researchers and databases through journal publishers. Moreover, the<br />society will maintain a job market forum and organize a regular<br />international meeting.<br /><br /><span class="Apple-style-span"  style="font-weight: bold">The next International Biocurator Meeting is in the planning stage. The<br />meeting will take place in spring 2009 in Germany.</span> The meeting aims to<br />invite all biocurators and their colleagues, and thus will be larger<br />than previous meetings. This meeting will be the first one to be held<br />under the helm of the International Biocuration Society.<br /><br />Please forward this message to anyone you think might be interested.<br />Stay tuned for upcoming information about the International Society for<br />Biocuration and the International Biocurator Meeting 2009.<br /><br /><br />Best regards,<br /><br />Petra Fey on behalf of the Biocuration Society Planning Committee<br /><br />-------------------------------------------------------------------------<br />This SF.net email is sponsored by: Microsoft&nbsp;<br />Defy all challenges. Microsoft(R) Visual Studio 2008.&nbsp;<br /><a href="http://clk.atdmt.com/MRT/go/vse0120000070mrt/direct/01/">http://clk.atdmt.com/MRT/go/vse0120000070mrt/direct/01/</a><br />_______________________________________________<br />Obo-phenotype mailing list<br />Obo-phenotype at lists.sourceforge.net<br /><a href="https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/obo-phenotype">https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/obo-phenotype</a></span></p>]]></description>
        </item>
                
        <item>
            <title><![CDATA[かずさニュースレターに統合DBプロジェクト紹介]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/287.html</link>
            <guid isPermaLink="true">http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/287.html</guid>
            <pubDate>Wed, 07 May 2008 09:22:16 GMT</pubDate>
            <description><![CDATA[<p>本日発行の第五号にかずさの統合DBプロジェクトの紹介記事を書きました。&nbsp;</p><p><a href="http://www.kazusa.or.jp/j/information/newsletter.html">http://www.kazusa.or.jp/j/information/newsletter.html</a></p><p>それはそうと、今回から突然、寄稿者の写真を載せることになったらしい。クマぐるみも一緒です&nbsp;<img src="http://navi.kazusa.or.jp/_tinymce/jscripts/tiny_mce/plugins/emotions/images/smiley-smile.gif"  border="0"  alt="Smile"  title="Smile" />&nbsp;</p><p>&nbsp;</p>]]></description>
        </item>
                
        <item>
            <title><![CDATA[BTJジャーナルにmnさんの記事掲載！]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/278.html</link>
            <guid isPermaLink="true">http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/278.html</guid>
            <pubDate>Fri, 02 May 2008 08:58:49 GMT</pubDate>
            <description><![CDATA[<p><span class="Apple-style-span"  style="font-family: 'Hiragino Mincho Pro'; font-size: 12px; line-height: normal">BTJジャーナル 08年4月号（第28号）</span>&nbsp;<a href="http://biotech.nikkeibp.co.jp/btjjn/">http://biotech.nikkeibp.co.jp/btjjn/</a>&nbsp;<span class="Apple-style-span"  style="font-family: 'Hiragino Mincho Pro'; font-size: 12px; line-height: normal">15ページをどうぞ。</span></p><p><span class="Apple-style-span"  style="font-family: 'Hiragino Mincho Pro'; font-size: 12px; line-height: normal">連載「いいともバイオインフォマティスト」で、東工大の黒川さんからバトンを渡された「<span class="Apple-style-span"  style="font-family: Verdana; font-size: 11px; line-height: 12px"><span class="Apple-style-span"  style="font-family: 'Hiragino Mincho Pro'; font-size: 12px; line-height: normal">中尾光輝・かずさDNA研究所特別研究員」さんへのインタヴューが掲載されてます！</span></span></span></p><p><span class="Apple-style-span"  style="font-family: 'Hiragino Mincho Pro'; font-size: 12px; line-height: normal"><span class="Apple-style-span"  style="font-family: Verdana; font-size: 11px; line-height: 12px"><span class="Apple-style-span"  style="font-family: 'Hiragino Mincho Pro'; font-size: 12px; line-height: normal">ここらの皆様にはおなじみですが、KazusaAnnotation Suite が大紹介。そしてあの「ゲノムよんだなー」君まで登場。必見です。</span></span></span></p>]]></description>
        </item>
                
        <item>
            <title><![CDATA[日本化学会情報化学部会誌]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/261.html</link>
            <guid isPermaLink="true">http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/261.html</guid>
            <pubDate>Mon, 14 Apr 2008 06:21:37 GMT</pubDate>
            <description><![CDATA[日本化学会情報化学部会誌 Vol. 26 (2008), No. 1 April に拙稿「ゲノムのユーザを育て、研究領域を育てる：ゲノムリテラシー教育活動とオープンゲノムアノテーションの試み」が掲載されました。どうぞご笑覧ください。&nbsp;<p>  <a href="http://www.jstage.jst.go.jp/browse/cicsj/26/1/_contents/-char/ja/">http://www.jstage.jst.go.jp/browse/cicsj/26/1/_contents/-char/ja/</a></p><p>同じ号には統合DBプロジェクト「教育」分野でご活躍の長浜バイオの池村先生とご関係の皆様、統合DBセンターの坊農さん、高木先生のご寄稿もあります。あわせてどうぞ。</p><p>&nbsp;</p>]]></description>
        </item>
                
        <item>
            <title><![CDATA[新年度昼食会]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/255.html</link>
            <guid isPermaLink="true">http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/255.html</guid>
            <pubDate>Tue, 08 Apr 2008 11:33:33 GMT</pubDate>
            <description><![CDATA[<p>外は風雨が吹きすさぶ嵐のような天気だったが、交流棟にてなごやかに。当研究室ではプロジェクト研究員のtfさんと、技術専門員に昇任した一名がよろしくのご挨拶。</p><p><img src="http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/8/107/chushokukai.jpg"  border="0"  title="undefined"  Xonmouseover="undefined"  Xonmouseout="undefined" />&nbsp;</p><p>お寿司とお茶でなごやかに昼休み中、歓談。もちろんアルコールは無しで。</p><p>&nbsp;</p>]]></description>
        </item>
                
        <item>
            <title><![CDATA[端末室]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/239.html</link>
            <guid isPermaLink="true">http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/239.html</guid>
            <pubDate>Fri, 04 Apr 2008 09:57:29 GMT</pubDate>
            <description><![CDATA[<p><img src="http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/8/105/SANY0639.JPG"  border="0"  title="undefined" /></p><p>4/1 より、プロジェクト研究員さん一名が合流。端末室にポスドク領域を確保しつつあり。&nbsp;</p><p>ガラス板の向こうの256<span class="Apple-style-span"  style="text-decoration: line-through">ノード</span>コアのPCクラスタの排気音が気になる。スピーカ設置して逆位相の音を出して消音するかなんつーアレゲな案も。</p>]]></description>
        </item>
                
        <item>
            <title><![CDATA[今年度の総括]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/224.html</link>
            <guid isPermaLink="true">http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/224.html</guid>
            <pubDate>Fri, 28 Mar 2008 12:20:59 GMT</pubDate>
		<dc:subject><![CDATA[work]]></dc:subject>
            <description><![CDATA[<p>かずさの統合データベースプロジェクトの今年度の総括ミーティングを夕方５時から初めて、９時近くまで。それぞれの項目でのkeep, problem, tryを挙げ、論っていく。いやー、疲れた。しかし、いろいろとがんばったわ。</p><p>新年度はもう一人ポスドクさんに合流してもらい、がしがし行きます。来年度も統合DB＠かずさをよろしく。</p><p>&nbsp;</p>]]></description>
        </item>
                
        <item>
            <title><![CDATA[さてさて]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/220.html</link>
            <guid isPermaLink="true">http://navi.kazusa.or.jp/yn/weblog/220.html</guid>
            <pubDate>Thu, 27 Mar 2008 21:29:30 GMT</pubDate>
		<dc:subject><![CDATA[work]]></dc:subject>
            <description><![CDATA[<p>だいぶKazusaNavigationの使い方もわかってきたんで、何時に起きたとか体重がどうしたとかいうWeb日記は&nbsp;</p><p><a href="http://catlover.myhome.cx/">http://catlover.myhome.cx/</a></p><p>に戻し、ここのブログにはもっぱら研究や開発に関係した記事を書いていこうと思います<img src="http://navi.kazusa.or.jp/_tinymce/jscripts/tiny_mce/plugins/emotions/images/smiley-smile.gif"  border="0"  alt="Smile"  title="Smile" /></p>]]></description>
        </item>
        
        <item>
            <title><![CDATA[昼食会]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/8/107/chushokukai.jpg</link>
            <enclosure url="http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/8/107/chushokukai.jpg" length="51722" type="image/jpeg" />
            <pubDate>Tue, 08 Apr 2008 11:31:53 GMT</pubDate>
            <description><![CDATA[]]></description>
        </item>
        <item>
            <title><![CDATA[端末室]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/8/105/SANY0639.JPG</link>
            <enclosure url="http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/8/105/SANY0639.JPG" length="41554" type="image/jpeg" />
            <pubDate>Fri, 04 Apr 2008 09:49:36 GMT</pubDate>
            <description><![CDATA[]]></description>
        </item>
        <item>
            <title><![CDATA[kazusa]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/8/69/kazusa.jpg</link>
            <enclosure url="http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/8/69/kazusa.jpg" length="81032" type="image/jpeg" />
            <pubDate>Thu, 27 Mar 2008 07:10:42 GMT</pubDate>
            <description><![CDATA[]]></description>
        </item>
        <item>
            <title><![CDATA[sakura]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/8/67/sakura.jpg</link>
            <enclosure url="http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/8/67/sakura.jpg" length="104717" type="image/jpeg" />
            <pubDate>Thu, 27 Mar 2008 00:08:40 GMT</pubDate>
            <description><![CDATA[]]></description>
        </item>
        <item>
            <title><![CDATA[]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/11/66/%E3%83%94%E3%82%AF%E3%83%81%E3%83%A3+1.png</link>
            <enclosure url="http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/11/66/%E3%83%94%E3%82%AF%E3%83%81%E3%83%A3+1.png" length="132717" type="image/png" />
            <pubDate>Wed, 26 Mar 2008 04:34:28 GMT</pubDate>
            <description><![CDATA[]]></description>
        </item>
        <item>
            <title><![CDATA[]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/8/65/hana2.jpg</link>
            <enclosure url="http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/8/65/hana2.jpg" length="19491" type="image/jpeg" />
            <pubDate>Mon, 24 Mar 2008 10:22:05 GMT</pubDate>
            <description><![CDATA[]]></description>
        </item>
        <item>
            <title><![CDATA[]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/8/64/IMG_9546.JPG</link>
            <enclosure url="http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/8/64/IMG_9546.JPG" length="27847" type="image/jpeg" />
            <pubDate>Sun, 23 Mar 2008 13:10:17 GMT</pubDate>
            <description><![CDATA[]]></description>
        </item>
        <item>
            <title><![CDATA[]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/7/62/neko.jpg</link>
            <enclosure url="http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/7/62/neko.jpg" length="46512" type="image/jpeg" />
            <pubDate>Fri, 21 Mar 2008 23:38:10 GMT</pubDate>
            <description><![CDATA[]]></description>
        </item>
        <item>
            <title><![CDATA[]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/8/61/yoru.jpg</link>
            <enclosure url="http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/8/61/yoru.jpg" length="32257" type="image/jpeg" />
            <pubDate>Fri, 21 Mar 2008 23:35:02 GMT</pubDate>
            <description><![CDATA[]]></description>
        </item>
        <item>
            <title><![CDATA[]]></title>
            <link>http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/8/60/20080320%28001%29s.jpg</link>
            <enclosure url="http://navi.kazusa.or.jp/yn/files/8/60/20080320%28001%29s.jpg" length="25310" type="image/jpeg" />
            <pubDate>Wed, 19 Mar 2008 23:14:48 GMT</pubDate>
            <description><![CDATA[]]></description>
        </item>
    </channel>
</rss>