房総ぐらし

中村保一 :: ブログ

June 19, 2008

ありゃ。REBASEがはいってないじゃん。だめじゃん。

http://rebase.neb.com/rebase/rebase.files.html

ここから 37. EMBOSS (emboss_e, emboss_r, emboss_s) の3ファイルをダウンロードして適切な場所におく(かずさのメインサーバなら、/db/software/solaris10/EMBOSS-バージョン番号/share/EMBOSS/data/REBASE/ 以下) sudoers に入ってないとできないであろう。

それぞれ、名前を適切なものに変更する(embossre.enz, embossre.ref, embossre.sup; 各々のファイルをcatすれば変更すべき名称は書いてある。

で、みんなが参照できるようにパーミッションを適切にととのえる。644 あたりっすか。

$ restrict
Finds restriction enzyme cleavage sites
Input nucleotide sequence(s): abac
Minimum recognition site length [4]:
Comma separated enzyme list [all]:
Output report [abac.restrict]:

はい、できた。

キーワード: EMBOSS, tips

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May 29, 2008

本日、マメ科植物のミヤコグサゲノムの解析論文 Genome Structure of the Legume, Lotus japonicus (Sato et al.) が DNA Research 誌よりオンライン公開されます(まだOxford pressのサイトでは見えていないようですが)それに伴い、http://www.kazusa.or.jp/lotus/ にてミヤコグサゲノム release 1 としてゲノムDBを公開しました。

まだまだ、がたぴし感がありますが、今後KazusaAnnotation suitesとの密な連携により、ユーザからの情報の反映が容易な新世代ゲノムDBとして育てていきたいと思います。どうぞよろしく。

 

以下、自分用のメモ: 

KazusaWikiのミヤコグサ用コンテンツのCSSだけ、ゲノムDBのソレと統一したい。MediaWikiで、特定のプロジェクトor名前空間のコンテンツのCSSだけ変更するとかできるんじゃなかろうか。 

http://meta.wikimedia.org/w/index.php?oldid=598140

JavaScriptで名前空間が変数でとることができるので、ソレ見てCSS置き換えるとかさ。

追記: http://www.openspc2.org/reibun/css/etc/014/ ここに紹介されているのの応用でできそう。

キーワード: database, work

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May 21, 2008

rice-net 経由でこんなメッセージがきました。全世界の Biocuratorよ、団結せよ!(って話ではない)

 

Subject:  [Obo-phenotype] International Society for Biocuration (ISB) and conference update

Date:  Mon, 19 May 2008 17:49:00 -0500
From:  Petra Fey <pfey at northwestern.edu>
CC:  biocurator-society at googlegroups.com



Dear Biocurators, Biocuration PIs and Supporters,

At the 2007 International Biocurator meeting in San Jose, CA, the idea
of forming a professional association for scientists working in the
field of biocuration gained momentum. After the meeting, a planning
group of almost 20 people formed to explore possibilities for realizing
this idea. A recent survey in the biocurator community asking if people
preferred an independent society or just an affiliation with an existing
society gave overwhelming preference to the formation of an independent
society. We are now taking the first steps toward the formation of such
a society, the International Society for Biocuration (ISB). The
International Society for Biocuration will be based in Geneva,
Switzerland, where the UniProt/Swiss-Prot group will provide essential
support.


We are currently in the process of preparing documents and creating the
infrastructure to formally incorporate. We will inform you when
formalization is complete and will then send information about membership.

The goals of the future International Society for Biocuration are
manifold. The formal organization of biocurators will help define the
profession of biocuration and its place within the wider research
community. It will provide a forum for biocurators, interested
developers, researchers, and students to exchange experience and ideas,
which will facilitate the sharing of tools and documentation. To
strengthen stability of funding, the society will contact funding
agencies to promote the importance of this work. The organization will
also build relationships with publishers and establish links between
researchers and databases through journal publishers. Moreover, the
society will maintain a job market forum and organize a regular
international meeting.

The next International Biocurator Meeting is in the planning stage. The
meeting will take place in spring 2009 in Germany.
The meeting aims to
invite all biocurators and their colleagues, and thus will be larger
than previous meetings. This meeting will be the first one to be held
under the helm of the International Biocuration Society.

Please forward this message to anyone you think might be interested.
Stay tuned for upcoming information about the International Society for
Biocuration and the International Biocurator Meeting 2009.


Best regards,

Petra Fey on behalf of the Biocuration Society Planning Committee

-------------------------------------------------------------------------
This SF.net email is sponsored by: Microsoft 
Defy all challenges. Microsoft(R) Visual Studio 2008. 
http://clk.atdmt.com/MRT/go/vse0120000070mrt/direct/01/
_______________________________________________
Obo-phenotype mailing list
Obo-phenotype at lists.sourceforge.net
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/obo-phenotype

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May 07, 2008

本日発行の第五号にかずさの統合DBプロジェクトの紹介記事を書きました。 

http://www.kazusa.or.jp/j/information/newsletter.html

それはそうと、今回から突然、寄稿者の写真を載せることになったらしい。クマぐるみも一緒です Smile 

 

投稿者: 中村保一 | 0 コメント

May 02, 2008

BTJジャーナル 08年4月号(第28号) http://biotech.nikkeibp.co.jp/btjjn/ 15ページをどうぞ。

連載「いいともバイオインフォマティスト」で、東工大の黒川さんからバトンを渡された「中尾光輝・かずさDNA研究所特別研究員」さんへのインタヴューが掲載されてます!

ここらの皆様にはおなじみですが、KazusaAnnotation Suite が大紹介。そしてあの「ゲノムよんだなー」君まで登場。必見です。

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April 14, 2008

日本化学会情報化学部会誌 Vol. 26 (2008), No. 1 April に拙稿「ゲノムのユーザを育て、研究領域を育てる:ゲノムリテラシー教育活動とオープンゲノムアノテーションの試み」が掲載されました。どうぞご笑覧ください。 

http://www.jstage.jst.go.jp/browse/cicsj/26/1/_contents/-char/ja/

同じ号には統合DBプロジェクト「教育」分野でご活躍の長浜バイオの池村先生とご関係の皆様、統合DBセンターの坊農さん、高木先生のご寄稿もあります。あわせてどうぞ。

 

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April 08, 2008

外は風雨が吹きすさぶ嵐のような天気だったが、交流棟にてなごやかに。当研究室ではプロジェクト研究員のtfさんと、技術専門員に昇任した一名がよろしくのご挨拶。

 

お寿司とお茶でなごやかに昼休み中、歓談。もちろんアルコールは無しで。

 

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April 04, 2008

4/1 より、プロジェクト研究員さん一名が合流。端末室にポスドク領域を確保しつつあり。 

ガラス板の向こうの256ノードコアのPCクラスタの排気音が気になる。スピーカ設置して逆位相の音を出して消音するかなんつーアレゲな案も。

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March 28, 2008

かずさの統合データベースプロジェクトの今年度の総括ミーティングを夕方5時から初めて、9時近くまで。それぞれの項目でのkeep, problem, tryを挙げ、論っていく。いやー、疲れた。しかし、いろいろとがんばったわ。

新年度はもう一人ポスドクさんに合流してもらい、がしがし行きます。来年度も統合DB@かずさをよろしく。

 

キーワード: work

投稿者: 中村保一 | 1 コメント

だいぶKazusaNavigationの使い方もわかってきたんで、何時に起きたとか体重がどうしたとかいうWeb日記は 

http://catlover.myhome.cx/

に戻し、ここのブログにはもっぱら研究や開発に関係した記事を書いていこうと思いますSmile

キーワード: work

投稿者: 中村保一 | 0 コメント

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